Beth Shalom wurde 1995 gegründet, nachdem sich seit 1992 um Susan und Georg Stein eine Gruppe liberaler Jüdinnen und Juden zu Gottesdiensten und Religionsunterricht zusammengefunden hatte. Bereits im Gründungsjahr trat die Gemeinde der World Union for Progressive Judaism (WUPJ) bei und beteiligte sich gemeinsam mit Persönlichkeiten wie Rabbiner Walter Jacob und Rabbiner Walter Homolka am Aufbau des progressiven Judentums im deutschsprachigen Raum.
In den folgenden Jahren entstanden die zentralen Strukturen der Gemeinde: Religionsunterricht, Bar-Bat-Mizwa-Unterricht, Chewra Kaddischa, ein eigenes jüdisches Gräberfeld sowie eine regelmäßige rabbinische Betreuung – unter anderem durch Moshe Zemer, Edward van Voolen, Walter Rothschild und seit 2006 durch Rabbiner Dr. Tom Kučera. Zwischen 2014 und 2024 prägte zudem Kantor Nikola David s“l (1969-2024) das musikalische und synagogale Leben der Gemeinde.
Mit dem Bezug eigener Gemeinderäume (2003), mehreren Torarollen, dem Entwurf einer Synagoge durch Daniel Libeskind sowie dem Umzug nach Mittersendling (2011) entwickelte sich Beth Shalom zu einer festen Größe des liberalen Judentums in München.
Von 1995 bis August 2026 wurden für die Gemeinde Beth Shalom 105 Kinder (53 Jungen und 52 Mädchen) geboren, 73 Mädchen und Jungen wurden als Bat- oder Bar-Mizwa erstmals zur Tora aufgerufen. 31 Gemeindemitglieder hat Beth Shalom zu Grabe getragen.